Есть же в рамках ModManagerа (как AutoIt-script/exe) тех.возможность переноса/переименования папок/файлов, раньше так было реализовано переключение модов в т.ч. - можно попросить SyDrа об автоматизации действий над файлами на основании доп.инструкций для мода (из mod_info.ini, например).

Например, если есть группа [Replace] со строками-указателями на файлы, то указанные фалы бекапятся и меняются.
Если строк нет во включённых модах, или только запущен MM - восстановление их из бекапа..

Тогда потребуется восстановление результата этих действий - при смене настроек в MM руками.

Группу [Replace] читаем по включённым модам снизу вверх (по list.txt - сверху вниз), выполняя замены; если в стартовом хранилище нет изначальных бэкапов для указанного файла - сделать его первый бэкап - для длительного хранения.

Это на случай, если новый албанский хакер сунул в мод, например, свой "h3era.exe" и указал его замену, чтоб захватить власть над игроками.
   
Точнее логику поведения MM и, как следствие, порядок его действий может прикинуть только тот, кто его писал..