Если не поступает более дельных предложений, то считаю, что:
Игра грузит приоритеты модов из файла list.txt (либо указанного в командной строке). На все остальные *.txt файлы в данном каталоге ей пофиг .
WoG является необходимым модом, грузится всегда, имеет минимальный приоритет и не обязан быть указанным в list.txt.
Каждая строчка указывает имя мода, причём чем ниже строчка, тем новее/приоритетнее этот мод.**
Моды, имеющиеся в list.txt, но не присутствующие на диске, игнорируются. Файл не исправляется.
Если имя мода присутствует более, чем в одной строке, правильной считается строка с наибольшим приоритетом. Файл не исправляется.
MM работает аналогично со следующими дополнениями:
Моды, присутствующие в списке и отсутвующие на диске, отображаются также, как и любые другие моды (с какой-нибудь пометкой). При удалении такого мода просто удаляется запись из файла предустановки . Если на момент выхода из программы такой мод находится в списке отключённых, то он будет "потерян".