Потестировал еще немного звуковые библиотеки из HD мода. Все-таки на некоторых системах они дают звук по качеству хуже, чем ванильные (отставание от картинки). Так что использовать их стоит, только если возникают проблемы с вылетами игры.

Ну и жесткий патчинг экзешника, на самом деле, необязателен. Скажем, при использовании ASI плагина, который патчит указанные байты в памяти - все работает, как запланировано. Видимо, при DLL injection, который я изначально использовал, подгрузка в память поздновато происходит.
ASI плагин - это по сути, обычная DLL, только расширение поменять. Подгружаются в память ASI файлы даже обычной ванильной игрой, с помощью библиотеки MSS. Без HD мода ASI файлы кладутся в корень игры, с HD модом - в _HD3_Data.