По поводу учёного:
Скорее всего, картинка для показа выбирается с использованием таблицы "картинок для IF:Q" (на самом деле это стандартная геройская таблица картинок для большинства сообщений). Несложно заметить, что первичные навыки в ней идут сразу после городов.
Могу предположить, что по какой-то причине номер первичного навыка был указан как -2, тогда тип картинки как раз указывает на строения крепости, а подтип картинки: 1 (учёный ведь +1 к навыку даёт) - как раз гильдия второго уровня.
Заклинание 68 может даваться по той причине, что все бонусы для учёного хранятся в одной таблице и по смещению -2 он, соответственно, попадает на предпоследний элемент предыдущего типа (как видно, это заклинание, 68 - предпоследнее из всех, изучаемых героями). Ну и, видимо, защита от получения навыка 68 - перенаправление на получение заклинания.

Наиболее вероятная причина проблемы - использование неинициализированной переменной y1 при определении первичного навыка.
Вместо !!VRy1:R3; следует писать !!VRy1:S0 R3; т. к. VR:R не устанавливает значение переменой, а прибавляет к нему, а надеяться на автоинициализацию, как видно, (да и вообще по жизни) нехорошо.


Кстати, если помнишь, мы спорили на df2 по поводу количества стеков в бою. Так вот, их оказалось действительно 20 на каждую сторону, как ты и говорил: несмотря на то, что во многих случаях выделена память на 21, как минимум байтов, управляющих необходимостью перерисовки стеков, ввделено под 20 стеков на каждую сторону.