Вогификация - это активация скриптов для карты. Если карту не вогифицировать, то, скажем, авторские глобальные скрипты не будут работать (будут работать только встроенные в карту скрипты). Насчёт командиров и прочих нескриптовых опций - точно не помню, включаются ли они без вогификации, но автор карты может так или иначе активировать их во встроенных скриптах карты.