Тема развития Богов однозначно суперская
Наконец кто-то за неё возьмется всерьез. Лично я Богов уже почти не помню.. но тема всегда была перспективная.

Не хотелось бы видеть добавленное через Богов что-то по типу "дарит умение xxx всем существам", "повышает здоровье существ на X" и т.п. Т.е. избегать банального. Это уже всем давно приелось и нужно придумывать максимально новые и свежие идеи.

1) Обязателен ли культ или без него игрок может прожить?
   На выбор игрока, может и не вступать.
Тут же можно сделать "защиту Бога", т.е. если игрок не получил покровительство Бога - время от времени от Богов будет "прилетать плохое"

2) Выбираем ли мы бога или он выбирает нас?
   Зависит от Бога, к каждому интереснее сделать свой уникальный подход. К кому-то можно присоединится сразу, к кому-то через какое-то время + условия, кто-то предложит свое покровительство после выполнения сложных условий.
Так, чтобы вступить в культ сильного бога, придется терпеть невзгоды на пути к вступлению (главное, не переборщить с эффектом после вступления).

3) Опциональна ли вся эта система или неотключаема?
   Должна быть опциональна, таким образом её можно развивать в огромных масштабах и это не навредит тем игрокам, которым такое не по нраву.

4) Могут ли боги давать квесты игроку?
   Да, причем для некоторых более серьезных Богов можно добавить обязательные квесты с наказаниями за невыполнение "в срок", помимо обычных квестов.

5) Должны ли боги ненавидеть друг друга?
   Не думаю, что такое можно интересно обыграть без появления самих богов на поле битвы..

Вариант для Бога выбираемого в начале игры:
Давать увеличенное на X%+'прошло дней'% всех отрядов при найме героя в таверне, но ограничить найм 1 героем в неделю/месяц.
Слабо-интересно для единственного бонуса, но как дополнение сойдет.