Zur13, FUN.erm изначально создавался мной (с огромной помощью сообщества, надо отметить) для ES, что не мешает его функционал использовать где угодно.
Но да, тот, кто его использует в неизменном виде включая в свои моды (с теми же номерами/именами функций) - создает потенциальные несовместимости.

Какие есть варианты:
1. Следить за обновлениями ES и обновлять FUN.erm в своих сборках.
2. Использовать функции для своих библиотек или отдельных скриптов с измененными именами.
3. Рекомендовать включать свои моды с меньшим приоритетом, чем ES - функционал FUN.erm обычно только расширяется.
4. Выбрать все стоящее из FUN.erm и сформировать штатную библиотеку в поставке Эры (такое предложение уже поступало), чтобы эти общие функции не валялись во всех модах.