ArKan, что значит отключить навык? Заблокировать его эффект или исключить его появление в игре?
Это 2 разные задачи.

Первая уже решалась для некоторых навыков - некромантия, глаз орла, "процентные" навыки (с ними проще - там просто обнуляется процент).
Для тех, по которым решения еще не было, надо "перебороздить весь exe файл, чтобы найти места где все навыки отключить".

Вторая задача решается заменой "отключаемого" навыка на какой-то другой для всех героев и мест получения при старте карты (ведьмы, университеты, ученые, артефакты). И замещением при повышении уровня героя, либо обнулением шанса получить его при левелапе в текстовике.