Может он cuteit'ом всю дрянь удалил, а он [cureit] реестровые значения в исходное состояние не восстанавливает (во всяком случае, раньше этого не делал; умел только hosts восстанавливать, и то с запросом).
NIKr0m@nceR, если окажется, что дело действительно в этом злополучном ключе в реестре, то посмотри сразу там же в HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\ Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon параметр userinit: там должно быть только C:\WINDOWS\system32\userinit.exe, (при условии, что винда установлена на диск с в папку windows). Почти наверняка и там будет "левая" ерунда приписана. И, скорее всего, из автозагрузки нужно поудалять пути к вирусным файлам (впрочем, файлов, я так понял, уже нет) - это либо в HKCU\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Windows\ Run как Дьякон написал, либо через спец.проги (всякие cleaner'ы - С,Reg и т.д.)