1) "двойные архивы" потому, что tar - это формат файлов помещенных в архив, а bz2/gz/z/lzma/etc - это формат компрессоров данных. Т.е. tar упаковывает файлы в один пакет, а компрессор уже сжимает, уменьшая вес файла.
2) установка таких программ не гуишная (т.е. через терминал) и чаще всего проходит в три команды (предварительно архив распаковывается):
./configure - конфигуратор; проверяет систему на наличие/отсутствие всех требуемых для установки программы компонентов;
./make - собирает программу
./make install - устанавливает программу
3) смотря в какой формат архива упаковывать. например для рар потребуется установить сперва сам архиватор (# sudo apt-get install rar), после чего можно архивировать нужные файлы выбрав соответствующий пункт в контекстном меню этих файлов в наутилусе (это файловый менеджер ubuntu)