AKuHAK, последовательность действий такая:
1) берешь непатченый экзешник 3.2
2) ищешь адрес, по которому заменяются байты
3) выбираешь небольшую область вокруг этого адреса (думаю, 16 байт должно хватить)
4) берешь экзешник 4.0
5) ищешь взятую область в нем (главное чтобы эта область была одна на весь экзешник. если не одна, то можно взять область побольше. если нет такой вообще, поэкспериментируй с положением области (т.е. когда искомый байт посередине области, самый левый. самый правый и т.п.) относительно этого байта (но он обязательно должен в нее входить) или возьми размер поменьше)
6) определяешь байт, который нужно пропатчить (в обоих областях его относительное расположение одинаково)
7) подменяешь его адрес в текстовике
8) переводишь текстовик в бинарник
9) патчишь